上場廃止後の金銭交付となりますので、非上場株式の譲渡の取り扱いとなります。譲渡損益は税率20.315％（所得税15.315％、住民税5％）の申告分離課税の対象となりますが、非上場株式の譲渡であるため、上場株式等・公社債等の譲渡損益や利子・配当等との損益通算を行うことはできず、翌年以降3年間の譲渡損失の繰越控除も認められていません。また、特定口座やNISA口座で株式を保有している場合でも上場廃止に伴って当該口座から払い出されるため、特定口座やNISA口座内での譲渡とはなりません。なお、NISA口座から払い出された場合、払い出した時の時価（最終売買日の終値）が取得価額となります。
したがって、上場廃止後に交付された金銭の額と取得価額との差額が譲渡益となる場合には、原則として確定申告が必要になります。
なお、税務上の具体的な内容に関するご質問等や確定申告の手続きに関しましては、所轄の税務署や税理士等の専門家に直接ご相談ください。