公開買付けが成立した場合、市場で上場株式を売却した場合と同様、上場株式等の譲渡の取り扱いとなります。譲渡損益は税率20.315％（所得税15.315％、住民税5％）の申告分離課税の対象となり、年間を通じて発生した他の上場株式等・公社債等の譲渡損益や申告分離課税の対象となる利子・配当等との損益通算が可能です。損益通算の結果、譲渡損失の金額が残る場合には、確定申告により、翌年以降3年間の譲渡損失の繰越控除も認められています。
また、特定口座（源泉徴収あり）で保有している場合には、税率20.315％の源泉徴収で確定申告不要とすることも可能です。
なお、税務上の具体的な内容に関するご質問等や確定申告の手続きに関しましては、所轄の税務署や税理士等の専門家に直接ご相談ください。