特定口座の譲渡損益額は税金を計算するための譲渡損益額です。
特定口座では、計算上生じた円未満の端数を切り上げた後の平均取得単価を用いて譲渡損益計算をするため、実際の譲渡損益額と異なる場合があります。

例）特定口座で保有するX社株式100株を株価1,000円で信用新規買い建玉後、現引きをおこなった場合、現引き注文の受渡代金（お支払い代金）は以下の通りとなります。（信用取引の金利は6円と仮定）

100株×1,000円＋6円＝100,006円

次に、このX社株式100株を株価1,100円で信用新規売り建玉後、上記で現引きした株式で現渡しをおこなった場合、現渡し注文の受渡代金（お受取り代金）は以下の通りとなります。（信用取引の貸株料を8円と仮定）

100株×1,100円−8円＝109,992円

この２つの取引での実際の譲渡損益は以下の通りとなります。
109,992円―100,006円＝9,986円

但し、特定口座の譲渡損益計算における平均取得単価は円未満の端数を切り上げて1,001円（100,006円÷100株＝1,000.06円→円未満を切り上げ）としますので、特定口座での譲渡損益額は以下の通りとなり、実際の譲渡損益額とは異なる値となります。

109,992円−（100株×1,001円）＝9,892円

※信用取引の金利と貸株料は、制度信用取引と一般信用取引の違いや信用取引の建玉の日数により異なります。