年の途中においては、配当等および譲渡損益はそれぞれ別々に管理されます。
配当等については支払いの都度源泉徴収が行われ、譲渡損益については売却取引等の都度その年の累計譲渡損益と合算され、源泉徴収または還付が行われます。
12月末に年間の損益が確定した結果が譲渡損失であれば、翌年初に配当等と譲渡損失の通算が自動的に行われ、配当等から源泉徴収された税金が還付されます。

※2016年より、上場株式等の配当等に加えて、公社債等の利子等も「源泉徴収ありの特定口座」に受け入れることができ、譲渡損失と損益通算が可能になりました。
金融所得課税の一体化